El origen concreto de la aldea es incierto, ya que los únicos documentos históricos que existen son siempre referidos a todas las aldeas del valle del Oja. En todos los documentos antiguos de Ezcaray, se mencionaba la villa añadiéndole siempre “y sus barrios y cabañ
as”. Estos barrios eran las actuales aldeas, entre las que se encuentra San Antón.
Estos barrios eran refugios dispersos por los montes de la villa, que tenían como función guarecer los rebaños y sus pastores por la noche y para poder protegerlos de los abruptos temporales.
La fecha concreta del origen de las aldeas y en especial la de San Antón no se sabe con exactitud, se considera la fecha del origen de la Villa de Ezcaray, concretamente el siglo XV. Aunque por otro lado se cree que las aldeas no adquieren un rango notable hasta el siglo XVI, cunado los antiguos cabañeros se fueron agrupando y formando los llamados barrios de Ezcaray.
Durante el siglo XV surgieron diferencias entre el Cabildo y los moradores de los barrios y estos últimos interpusieron una demanda contra el Cabildo, en el arzobispado de Burgos. Después de años de pleitos, se estableció un juez intermediario que fallo un texto con 7 puntos, que establecían derechos y deberes de los pobladores, entre los que se encontraban: el derecho de enterrar a sus muertos en el propio barrio, que la iglesia matriz debía ser la parroquia de Santa María y así hasta las siete reglas que incluía el texto.
Los habitantes de las aldeas se dedicaban principalmente al pastoreo (tenían gran conocimiento de plantas y hierbas medicinales, para las personas y para el propio ganado) y por otro lado ejercían el cuidado de sus propios cultivos para alimentarse y para mantener al ganado. Estos aldeanos tenían unos hábitos en ocasiones marcadamente endogámicos, es decir, los novios y novias se buscaban dentro del mismo barrio o en aldeas cercanas, a causa de esto siempre se a creído por parte de los habitantes de la Villa de Ezcaray, que los aldeanos eran de una “etnia” distinta, ya que además poseían un dialecto local que venia influenciado por los topónimos en vascuence usados para nombrar términos, montes y arroyos.
Ya en el siglo XVIII, existían en el valle 11 ferrerías y unas 12 minas en sus montes, de hierro, cobre, plomo, plata y oro. En concreto en la aldea de San Antón, fueron muy importantes las minas de hierro, entre las que se puede citar la mina “Marte” como una de las más importantes, junto con otras situadas en la aldea de Azarrulla. Aproximadamente en el año 1910, todas las minas de la zona tuvieron que cerrar debido por una parte a la crisis económica de la época y por la escasa rentabilidad de sus filones.
Las aldeas en general poseen diferentes gentilicios como: “Desbalagaus” (Urdanta), “Chuetes” (Posadas y Ayabarrena). En concreto las gentes de San Antón, son considerados “Borrineros”, gentilicio que comparten con las aldeas de Azarrulla y Zaldierna.
En los años 50 del siglo pasado la aldea contaba con aproximadamente 71 habitantes, se regia a través de un alcalde pedaneo que estaba al mando del alcalde de la Villa de Ezcaray (en la actualidad estos tramites siguen igual), la aldea poseía Escuela Pública propia (desaparecida después de un fatal incendio y años más tarde restaurada y transformada en casa de concejo y sede de la Asociación Cultural y Juvenil de San Antón)
En los años 70, se produjo en la aldea un despoblamiento, como en todo el valle y en general muchos pueblos de las Sierras Españolas, sus gentes decidieron abandonar su lugar de nacimiento con gran pena, para buscarse una vida mejor en las ciudades, que por entonces sufrían una gran industrialización y aportaban trabajo seguro. Durante varios años la aldea quedo deshabitada. Con el paso de algunos años y gracias a las gentes que desearon volver a sus raíces, San Antón y otras aldeas volvieron a resurgir, todas las familias trataron de restaurar sus casas y de ese modo poder regresar durante los fines de semana a su lugar entrañable.
En la actualidad la aldea de San Antón se encuentra a tan solo 7,5 km de Ezcaray, se situada en la margen derecha del río Oja y a una altitud de 930 metros. Se considera una de las aldeas más privilegiadas ya que prácticamente todo el día da el sol y la señal de TV se recibe directamente del repetidor de Ezcaray. Hoy en día reside en la aldea algún vecino de forma continua y durante las épocas vacacionales la aldea aumenta muy considerablemente su población.